تم اغتيال الشيخ أحمد ياسين من قبل جيش الاحتلال الإسرائيلي وهو يبلغ الخامسة والستين من عمره، بعد مغادرته مسجد المجمّع الإسلامي الكائن في حي الصّبرة في قطاع غزة، وادائه صلاة الفجر في يوم الأول من شهر صفر من عام 1425 هجرية الموافق 22 مارس من عام 2004 ميلادية بعملية أشرف عليها رئيس الوزراء الإسرائيلي السابق ارئيل شارون. قامت مروحيات الأباتشي الإسرائيلية التابعة لجيش الاحتلال الإسرائيلي بإطلاق 3 صواريخ تجاهه وهو في طريقه إلى سيارته كرسيه المتحرّك من قِبل مساعديه، اغتيل ياسين في لحظتها وجُرح اثنان من أبناءه في العملية، واغتيل معه 7 من مرافقيه.
رحمه الله